Różne składy endotoksyn mogą prowadzić do trzech form fenotypu bakteryjnego, a mianowicie typu gładkiego, typu szorstkiego i typu pośredniego (zwanego także typem śluzowym). Gdy główny składnik polisacharydowy jest zredukowany lub uszkodzony, wygląd kolonii kultur bakteryjnych jest szorstki, dlatego nazywa się to mutantem szorstkim (rough-LPS, R), który można nazwać Rb-LPS, Rc-LPS, Rd-LPS, Re -LPS zgodnie ze stopniem defektu polisacharydu rdzenia, jak pokazano na rysunku .

Mikroskop elektronowy Escherichia coli LPS z gładkimi koloniami ma smukłą strukturę podobną do sznurka, podczas gdy szorstki typ Escherichia coli LPS ma przeważnie strukturę okrągłą. Ze względu na różne długości jego łańcucha cukrowego, powstaną różne efekty zawady przestrzennej, które wpłyną na rozpoznawanie i fagocytozę LPS i CNB przez komórki odpornościowe organizmu, tak że gospodarz będzie miał na niego różne efekty immunologiczne i wpłynie na usuwanie bakterii przez organizm.

Łańcuch cukrowy typu szorstkiego jest krótki i łatwo połykany przez fagocyty, takie jak fagocyty zawodowe: neutrofile i makrofagi, które łatwo usuwają bakterie typu szorstkiego; Gładki łańcuch cukrowy jest długi, ma zawadę steryczną, nie jest łatwy do połknięcia przez fagocyty i połączenia z dopełniaczem, i łatwo jest uciec przed odpowiedzią immunologiczną organizmu na niego.