Obojętny roztwór lipopolisacharydu można przechowywać w temperaturze pokojowej przez kilka miesięcy, a jego aktywność biologiczna nie zmienia się znacząco. Jeśli jest przechowywany w temperaturze 4 ℃ lub w lodówce niskotemperaturowej, jego aktywność biologiczna może pozostać niezmieniona przez kilka lat do dziesięcioleci. Suchy neutralny proszek lipopolisacharydu można przechowywać w temperaturze pokojowej lub lodówce przez dziesięciolecia lub dłużej bez utraty aktywności biologicznej.

Gdy lipopolisacharyd zostanie umieszczony w kwaśnym roztworze w temperaturze pokojowej, jego cząsteczki ulegają częściowej degradacji. Ta zmiana obejmuje głównie rozszczepienie wiązań glikozydowych między polisacharydem a lipidem A oraz rozszczepienie wiązań lipid A1-glukozyd. Ogrzewanie może sprzyjać tej reakcji. Silny roztwór kwasu może całkowicie zniszczyć lipopolisacharyd w warunkach ogrzewania.

Czynniki alkaliczne mają duży wpływ na cząsteczki lipopolisacharydów, głównie na cząsteczki lipidu A. W tym czasie wiązanie estru 4-fosforanowego na szkielecie lipidu A i wiązanie estru kwasu tłuszczowego w pozycjach 3 i 3 są łatwe do zniszczenia, co może spowodować rozszczepienie cząsteczki. W tym czasie zdegradowane cząsteczki tracą swoją typową aktywność endotoksyn. Lipopolisacharydy mogą zostać całkowicie zniszczone w warunkach silnych zasad.