Jak wpływać na syntezę LPS GNB, aby LPS i GNB mogły być łatwo rozpoznawane i usuwane przez gospodarza, jest również środkiem do leczenia endotoksemii. W endotoksemii enteogennej Escherichia coli (E.coli) ma typową strukturę LPS, która łatwo wymyka się reakcji fagocytozy gospodarza, wykazuje silną aktywność biologiczną endotoksyny i powoduje różne efekty toksyczne. Dlatego w badaniu endotoksyn LPS E. coli jest często używany do oceny biologicznych skutków endotoksyny i oceny różnych środków interwencyjnych; Kiedy egzogenny GNB jest zainfekowany, jego struktura LPS nie ma typowej struktury LPS, a jego toksyczność jest stosunkowo niska, co jest łatwe do usunięcia przez gospodarza.
Niemiecki uczony Seydel i in. umieścił makrocząsteczki agregatów LPS w soli fizjologicznej, użył IL-6 wydzielanej przez makrofagi jako wskaźnika i wykorzystał technologię dyfrakcji rentgenowskiej promieniowania synchrotronowego do analizy trójwymiarowej struktury różnych LPS. Stwierdzono, że LPS o strukturze stożkowej ma silną toksyczność biologiczną, podczas gdy sześcienna struktura chemiczna o strukturze cylindrycznej jest nietoksyczna lub ma niską toksyczność. Heksaacylolipid A z E. coli ma strukturę odwróconej kostki, podczas gdy pentadaktylolipid A i tetradecylolipid A z E. coli tworzą strukturę wielowarstwową i mają zazwyczaj niewielką strukturę micelarną; Jednak lipid A c.jejuni jest strukturą jednowarstwową z niewielką tendencją do przekształcania się w strukturę odwróconego sześcianu. Wszystkie inne lipidy A bez wyjątku tworzą struktury wielowarstwowe. Każdy lipid A bakterii jelitowych heksadecyl jest stożkowy lub wklęsły, lipid pentadaktylowy jest głównie cylindryczny, a tetradecylolipid A jest cylindryczny i ma tendencję do rozwijania się do stożka lub wypukłości (przekrój strefy hydrofobowej jest nieco mniejszy niż strefy hydrofilowej).
Obecne dane pokazują, że istnieje wspólna zasada dla LPS w endotoksynie. Tylko stożkowy lub wklęsły kształt fizyczny lipidu A ma wysoką aktywność biologiczną, taką jak E. coli w jelicie. LPS nie ma aktywności agonistycznej i jest powiązany z cylindrycznym kształtem lipidu A. LPS pozbawiony grupy acylowej nie oznacza, że może być stosowany jako antagonista. Możliwe, że gdy endotoksyna jest internalizowana do monocytów, makrofagów, neutrofili i komórek dendrytycznych, jest hydrolizowana enzymatycznie przez hydrolazę acylokarboksylową (AOAH) w celu wytworzenia deacylolipidu A i jednocześnie zmienia swoją trójwymiarową morfologię. W tej chwili nie ma działania toksycznego. Można zauważyć, że obecność lub brak grup acylowych w LPS nie oznacza, że jest on nietoksyczny. Konieczne jest zrozumienie jego trójwymiarowej struktury.
Biologiczne działanie endotoksyny oraz wielkość ładunku ujemnego LPS, liczba łańcuchów acylowych, rozmieszczenie grup acylowych, stopień nasycenia łańcucha acylowego kwasami tłuszczowymi oraz zmiana konformacji stereo mają wpływ na aktywność endotoksyny. Wniosek ten może stworzyć teoretyczne podstawy do projektowania analogów LPS i sprawić, że będą one antagonizować działanie toksycznego LPS.